Analyse Pangénomique : du laboratoire de recherche au chevet des enfants atteints de cancer

Sur les 50 nouveaux médicaments approuvés par la FDA en 2021, deux tiers ont été développés par la génétique, selon la dernière édition de Nature Reviews Drug Discovery1. Ces produits sont élaborés grâce à l’identification de gènes liés à une pathologie (ou à un phénotype, c’est à dire à la traduction clinique d’une expression génétique). L’essor d’une médecine personnalisée aux individus sur la base de leur génétique se confirme. La médecine de demain est déjà celle d’aujourd’hui…

Des big data aux médicaments personnalisés issus de l’analyse du génome

L’analyse pangénomique permet de séquencer soit l’ensemble de la partie codante de l’ADN (exome) ou la totalité du génome (whole genome). Il s’agit de techniques de plus en plus employées pour identifier les signaux génétiques associés à une maladie. Près de 10 000 gènes ont été identifiés dans les maladies rares2, et 5000 dans le cancer3. A ce jour, il a été identifié plus de 500 gènes du cancer avec des anomalies « ciblables » qui répondent à plus de cent thérapies ciblées (anticorps monoclonaux, anti-tyrosine kinase…)3. Il devient plus que jamais nécessaire de faire le point sur les recommandations de génotypage et de screening thérapeutique. Ces thématiques occuperont une large place dans les communications du prochain congrès de la SFMPP.

Notre génome étant composé de 3 milliards de paires de base, l’étude de la génétique humaine fait appel à la science des big data. La finalisation du séquençage du génome humain, complété plus récemment en 2002 sur les régions du génome plus difficile d’accès, marque assurément le début d’une nouvelle ère pour la médecine. Et pour ce faire, il aura fallu la conjonction de deux avancées technologiques sans précédent dans les sciences de la vie :

• Le développement de technologies de séquençage à haut débit pour détecter les variations génétiques
• Et celle de la bio-informatique, pour permettre l’interprétation à visée diagnostiques mais aussi thérapeutique de ces informations.

Ces avancées majeures ont permis le développement de ce qu’on appelle désormais la médecine personnalisée ou génomique. Leurs récents développements techniques et bio-informatiques seront discutés au cours des différentes sessions.

Passer de l’analyse bioinformatique aux traductions cliniques

Ainsi le point avec Damien Sanlaville (CHU de Lyon), Olivier Tredan (CLB de Lyon) et Gilles Vassal (IGR, Villejuif) sur ces applications de l’analyse complète du génome dans les maladies rares, dans les cancers avancés et dans les cancers pédiatriques. L’analyse pangénomique peut contribuer à une meilleure identification de la base génétique de certaines maladies rares ou de cancers spécifiques à une personne. Ces possibilités diagnostiques augmentées permettent en outre de faire la lumière sur les voies biologiques concernées et d’envisager de nouvelles stratégies de prévention ou de traitement ciblé.

À très bientôt,
Dr Jean-Philippe Minart